ปราสาทหินพันยอดตั้งอยู่ที่เกาะเขาใหญ่ภายในพื้นที่รับผิดชอบของอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา เป็นอีกหนึ่งจุดหมายของการเที่ยวสตูลที่ไม่ควรพลาด มาเที่ยวชมภาพทะเลสีมรกตและหาดทรายที่โอบล้อมด้วยกำแพงหินปูนสีดำยอดแหลมจำนวนมาก คล้ายกับยอดปราสาท จึงกลายเป็นที่มาของชื่อ ปราสาทหินพันยอด ซึ่งตั้งอยู่ใม่ไกลจากฝั่งมาก
สามารถเที่ยวได้แบบ one day trip โดยใช้เวลาท่องเที่ยวเพียงครึ่งวันเท่านั้น ปราสาทหินพันยอด ตั้งอยู่ห่างจากท่าเรือปากบาราประมาณ 3 กิโลเมตร สำหรับผู้ที่สนใจมาเที่ยวปราสาทหินพันยอด สามารถติดต่อซื้อแพคเกจท่องเที่ยวได้กับทางท่องเที่ยวชุมชนบ้านบ่อเจ็ดลูก โดยคิดราคาคนละ 800 บาท หรือหากพักที่รีสอร์ทแถวท่าเรือปากบารา ส่วนใหญ่จะขายแพคเกจน้ำเที่ยวปราสาทหินพันยอดด้วยในราคาเดียวกัน รถจะมารับถึงที่พักไปขึ้นเรือที่ท่าเรือของรัฐวิสาหกิจชุมบ้านบ่อนอก สำหรับโปรแกรมนำเที่ยว จุดหมายปลายทางหลักคือ ปราสาทหินพันยอด และมีแหล่งท่องเที่ยวอื่นในเส้นทาง คือ สันหลังมังกรบ้านบ่อเจ็ดลูก อ่าวฟอสซิล อ่าวโต๊ะบะ ชมหินรูปหัวใจ อ่าวตะโล๊ะมินแต เรือที่นั่งคือ เรือหางยาวระหว่างทางผ่านพื้นที่ป่าชายเลน และหินรูปร่างแปลกตามากมาย ทั้งหินตาหินยาย หินเรือสำเภา ซึ่งทางไกด์ก็จะเล่าเรื่องตำนานของหินต่างๆให้เราได้ฟัง ช่วงเวลาที่เรือผ่านช่องประตูเข้ามาแล้วมาเห็นภาพของปราสาทหินพันยอด สุดอลังการที่อยู่เบื้องหน้าเป็นอะไรที่ว้าวมาก ตอนแรกคิดว่ามาเจอสภาพอากาศที่ไม่ค่อยสดใส คงไม่ได้เห็นภาพที่สวยเท่าใดนัก แต่ผิดคาดแม้อากาศครึ้มฝนตกโปรยๆลงมายังสวย มองเห็นหาดทรายและลากูสีเขียวที่ตัดกับปราสาทหินสีดำที่มีปลายแหลม มีลวดลายหินรูปทรงแปลก